O Serviço de Helicópteros de Emergência Médica (SHEM) foi inaugurado pelo INEM em 1997. As primeiras experiências em Helitransporte realizadas em Portugal iniciaram-se em 1994, com a realização das chamadas Rotas de Verão ou Rotas do Algarve. As primeiras equipas médicas pertenciam ao Hospital de São Francisco Xavier, tendo estas sido pioneiras e progenitoras do SHEM do INEM. Em Junho de 1997, o INEM assinou um protocolo de cooperação com o Hospital de São Francisco Xavier em que este ficou responsável pela gestão dos consumíveis clínicos e pela formação / coordenação da equipa de médicos e enfermeiros que asseguravam o funcionamento deste serviço na zona Sul. Inicialmente a funcionar apenas durante o período diurno, e com uma equipa médica maioritariamente da área funcional da Anestesiologia, apartir de Outubro de 2002 passou a assegurar as 24 horas do dia, durante 365 dias, havendo necessidade de alargar a equipa médica a outras áreas funcionais com formação no tratamento de doentes críticos. Os enfermeiros recrutados para a equipa médica eram provenientes das Unidades de Cuidados Intensivos, Bloco Operatório e Serviço de Emergência do Hospital de São Francisco Xavier.
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